В биотехнологической лаборатории научились клонировать великих исторических деятелей. С тех пор были организованы подпольные аукционы клонов таких личностей как Микеланджело, Галилей и Вивальди. Однако сатанинский культ, который стоит за биолабораторией, интересуют не только деньги, поэтому они похищают Туринскую плащаницу.
Главный герой, известный как Снейк Айз, предстает перед нами как юноша с болезненным прошлым, отказавшийся от всего ради одной единственной цели — отомстить за убийство своего отца. Его жизнь превращается в бесконечную гонку, полную подпольных боев, в которых он пытается найти силы и средство для реализации своей мести.
