>В 2014 году Черемных решили расширить хозяйство – они купили помещения для содержания скота у разорившегося фермера. После этого Иван зарегистрировал крестьянско-фермерское хозяйство.

Сколько же времени прошло от расширения до регистрации? Вообще, любые сделки между приобретением помещения и и становлением фермера не подходят под лпх, т.к. в рамках лпх можно реализовывать продукцию со справкой, где указаны ресурсы крестьянина, а в этой справке про новые территории нет ничего же.

>ОБЭП и возбудили уголовное дело по ст. 171 УК РФ («незаконное предпринимательство»). Стоит отметить, что эта статья может использоваться лишь в том случае, если нелегальный бизнесмен причинил крупный ущерб гражданам, государству или организациям, либо получил доход в особо крупном размере.

А как же "а) совершенное организованной группой;" - коей и является семья? Это и есть критерий для применения второй части статьи.
"наказывается штрафом в размере от ста тысяч до пятисот тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период от одного года до трех лет, либо принудительными работами на срок до пяти лет, либо лишением свободы на срок до пяти лет со штрафом в размере до восьмидесяти тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период до шести месяцев либо без такового."
В наказании указан именно доход, а не прибыль, так что расходы на содержание тут не привязать никак. Посчитать доход легко - всё же через банк проводили, вот и будут все входящие операции на имя сабжа - его доходом.

Однобоко показанная история в расчёте на народные негодования. Чтобы жить по закону, надо бы его изучить.

Добрый царь не знает. Злые министры не дают

Сто пудов кто-то захотел поиметь "маленькую" толику от прибытка мужика, а от заерепенился...