Мастер и Маргарита , как всякое великое произведение, многослоен.
Первый слой, который видят все, это феерическая клоунада. Бегемот и Коровьев. "Не шалю, никого не трогаю, починяю примус."
Второй слой, который хорошо понимают люди жившие в СССР, это едкая сатира на советскую власть. "Что же это у вас, чего ни хватишься, ничего нет!"
Третий слой это тема горькой любви и несчастной жизни. Маргарита. "Была на свете одна тетя. И у нее не было детей, и счастья вообще тоже не было. И вот она сперва много плакала, а потом стала злая..."
Четвертый слой это муки творчества, борьба за признание и вообще тема искусства. Бездомный, Рюхин, Мастер. "Вот пример настоящей удачливости... какой бы шаг он ни сделал в жизни, что бы ни случилось с ним, все шло ему на пользу, все обращалось к его славе! Но что он сделал? Я не понимаю... Что-нибудь особенное есть в этих словах: "Буря мглою..."? Не понимаю!.. Повезло, повезло! стрелял, стрелял в него этот белогвардеец и раздробил бедро и обеспечил бессмертие..."
Пятый слой это поиск смысла жизни и попытка обрести его в религии. Воланд, Иешуа Га-ноцри, Понтий Пилат. "Зачем же ты, бродяга, на базаре смущал народ, рассказывая про истину, о которой ты не имеешь представления? Что такое истина?"
Шестой слой это тема запоздалого и уже бесполезного раскаяния за свои ошибки. Понтий Пилат. "Он открыл глаза, и первое, что вспомнил, это что казнь была." "...какая пошлая казнь! Но ты мне, пожалуйста, скажи, тут лицо из надменного превращается в умоляющее, ведь ее не было! Молю тебя, скажи, не было?"

Давно известно, что человек хорошо понимает только то, что прочувствовал на собственной шкуре. Отсюда понятно, кто не понимает роман "Мастер и Маргарита".
Не понимают молодые люди, потому что еще не знают жизни. У них кипят гормоны и волнуют их сексуальные темы. В "Мастере и Маргарите" им понятна любовная линия, их развлекает феерическая клоунада. А вот сатира на советскую власть им непонятна. Молодые самоуверенны и самонадеянны, смысл жизни их мало волнует, и уж тем более их не волнует раскаяние, поскольку они еще не успели совершить трагических ошибок.
Не понимают роман эдакие "святые праведники", они прожили жизнь легко, все у них получалось с первого раза. Они всегда оказывались в нужное время в нужном месте. И влюблялись они один раз, и на всю жизнь, и были счастливы в браке. Прочитав роман, и сравнивая его своей жизнью, они недоумевают: "Как это так можно совершать ошибки? Как это можно в чем-то раскаиваться?" Возможно, эти люди действительно святые, а может просто глупцы, которые искалечили много жизней и даже не поняли этого.
Не понимают роман самовлюбленные подлецы и эгоисты. Они всегда все делали и делают для себя, а тех, кто сострадает и раскаивается, они считают дураками.