Кто сказал?

Закон.

Есть такое понятие - недопустимые доказательства. К ним относятся также и доказательства собранные с нарушением закона. Т.к. данное приложение законом не предусмотрено, как способ сбора доказательств, то и собранное с их помощью доказательства получены с нарушением закона, а значит не могут лечь в основу обвинительного решения. Причём принятие такого закона возможно только на федеральном уровне, а значит решение, скажем, МГД или регионального Заксобрания силы иметь не будет.

Чтобы такое приложение соответствовало закону требуется:
А) принять закон, в котором в т.ч. определить орган власти, который будет принимать нормативные акты, регулирующий порядок использования таких приложений, их характеристики и, главное, какое именно можно использовать.
Аналог это как сейчас происходит с автоматическими камерами фиксации. Есть закон и есть орган власти, который отвечает за их использование.
Б) Вышеуказанный орган власти (скорее всего это будет Правительство) принимает такие нормативные акты. По установленным им критериям разрабатывается приложение, после проверки (сертификации) оно утверждается и может использоваться.

Да ладно. Причем тут допустимость доказательств?
Верховный суд ни слова про то, что эти видео и фото являются недопустимыми доказательствами не сказал. Только разъяснил, что их нельзя относить к полученным в автоматическом режиме.
Прочитайте п.3 ч.1 ст.28.1 КоАП, что является основанием для возбуждения дела об административном правонарушении. Никакого отдельного закона принимать не требуется.
Есть заявление гражданина, поданное в электронном виде и позволяющее его идентифицировать, есть доказательства в виде фотографии и вдеофайла, полученного способом, исключающим монтаж. Вполне достаточно для возбуждения дела об административном правонарушении. А поскольку в части гл.12 КоАП презумпция невиновности не действует, то доказывать, что нарушения не было, будет владелец т/с.

гибдд.рф/request_main

А почему они должны возбуждаться по п. 3 ч. 1 ст. 28.1 КоАП, а не по п. 4 ч. 1 этой же статьи?

Потому, что в первом случае основанием служит СООБЩЕНИЕ от гражданина, юр. лица или из СМИ, а во втором съёмка полученная С ПОМОЩЬЮ средств автоматической фиксации, к которым приложение не относится.

Т.е. после получения такой съёмки по приложению полиция должна будет вызвать её автора и опросить его, после чего его показания, подкреплённые съёмкой, лягут в основу дела об АП.

Если этого она не сделает, не опросит гражданина, то сама по себе такая съёмка не может считаться доказательством, потому, что нет сообщения от гражданина. У нас пока нет ни закона, ни ПО позволяющего подать заявление или дать показания в полицию электронным путём. Пока только планируется возможность подать заявление в полицию, на портале госуслуг уже анонс был, но потом всё равно будет опрос/допрос под протокол.

Суть же этого приложения в том, чтобы граждане не бегали и не писали заяву в полицию, а отправляли её через приложение. Теперь же, увы, такая возможность отсутствует.

При этом в полицию с заявлением о правонарушении можно обратиться и без приложения (устно, письменно, через эл.почту или портал), и без фото/видео, а там уже полицейский или судья решит кто был убедительнее - заявитель или предполагаемый нарушитель.

Что касается презумпции невиновности, то она не действует в том случае, если нарушение зафиксировано средствами автоматической фиксации, т.е. п. 4 ч. 1 ст. 28.1 КоАП, а приложение к таким средствам, по мнению ВС РФ, не относится, иначе бы он не стал их приравнивать к сообщениям граждан или СМИ о нарушениях.