Дело в том, что мораль - это явление сугубо социальное. Мораль чисто по определению - это общие представления общества о нормах поведения. А вот то, что находится в голове у конкретного человека - это нравственность. Но даже нравственность не является врождённой. Нравственность прививается воспитанием в семье, а также воздействием морали (воспитанием в обществе). Без двух этих видов воспитания ребёнок никогда не поймёт даже не того, что что-то может быть плохо, а что значит "плохо" в принципе. Нет такого "инстинкта".
Мозг - это именно вычислительная машина с человеческим сознанием на борту.

Что касается развития мозга, то оно вполне возможно. Как и его деградация, впрочем. Деградации способствуют следующие факторы: возраст (после 25 лет мозг начинает стареть), недосып, вредная еда, приём нейротоксинов (таких как алкоголь и другие наркотики) и многое другое.
А развитию мозга может способствовать ведение здорового образа жизни, а также наличие умеренных нагрузок на мозг и сердечно-сосудистую систему (ибо она питает мозг и всё тело). Без нагрузок мозг начинает слегка ослабевать, НО не деградировать. Деградации способствуют другие вещи (о них было выше). Органим старается экономить, а потому расходует энергию на наиболее востребованные вещи. Это адаптационные механизмы у нашего организма такие.
Какова механика "прокачки мозга"? Основу, конечно, составляет формирование новые связей между нейронами: от тонких дорожек до крупных магистралей. На формирование таких путей уходит много энергии, витамина B12, разного рода жирных кислот и куча всего остального. Второй путь (самый сложный) - это нейрогенез. У человека он довольно медленный, что защищает от роста опухолей, однако он точно есть, хоть и считалось, что его нет. Таким образом, "прокачка" мозга не просто возможна, она происходит всегда, когда человек "шевелит мозгами" и не травит себя всякой гадостью.