Не открою тайны, что КПД двигателя зависит от давления и объема газа, принимающего участия в процессе. Турбонаддув просто увеличивает объем воздуха, впихиваемого в цилиндры. Можно получить аналогичные объемы и давление у атмосферного двигателя но только размер у цилиндров будет раза в полтора-два больше, соответственно и двигатель будет крупнее, тяжелее. Тяжелые детали потянут за собой большие усилия на подшипниках и прочих силовых элементах. Словом, пяти килограммовый турбонаддув заменяет 50 кило веса двигателя (даже с условиям усиления последнего). И, понятное дело, надежность двигателя уменьшается. Хотя и тут есть разные подходы. Например, считается что атмосферный двигатель грузовика может отходить более миллиона километров (понятия не имею, кем - я видел грузовики миллионщики но двигатели на них меняли) а вот турбированный двигатель аналогичной мощности отходит не более 300 тысяч. Объясняют это большими напряжениями в маленьком объеме. Но противники этих теорий указывают на то, что атмосферные двигатели для той же мощности должны иметь значительно большие поверхности зеркала (цилиндры большие) и на нем идут потери и износ. Короче - все еще спорят. Атмосферные двигатели считаются более надежными, турбированные двигатели более дешевые (по цене на киловатт). К достоинствам современных турбированных двигателей еще прикручивают сейчас мультитопливность (регулируя давление после турбины можно играть степенью сжатия в цилиндрах и подгонять ее под любое топливо). Кому что удобно - то то и хвалит.
Что касаемо личного мнения - у меня было много машин но все атмосферники. У хорошего знакомого были в нулевых и десятых годах две турбированные машины (новые, дорогие но рекламировать не буду :) ) Обе машины знакомому не понравились именно за счет турбонаддува. На одной турбину меняли дважды. Он зарекся брать машину с турбиной. Но возможно, это его "тараканы" и его специфические требования к езде. Другие водители "турбин" могут вполне быть довольны так как у моей иной знакомой "красная машинка с турбинкой" и вроде не слышал от нее нареканий - до магазина и до дачи машинка возит исправно.

Чисто от себя хочу заметить.
Если раньше дизельные двигатели были полностью из чугуна (блок цилиндров и головка блока) + использовались форкамеры, то сейчас почти все турбированные двигатели (что дизельные, что бензиновые) сделаны из алюминия и используют подачу топлива либо непосредственный впрыск в цилиндры (бензин), либо систему подачи commom rail (дизель).
Мощность конечно в азы больше, но ресурс уменьшается в разы.