Наёмный убийца Джо узнаёт, что неизлечимо болен. Чтобы не страдать, он решает нанять лучших киллеров в мире убить себя. Вскоре оказывается, что в больнице были перепутаны снимки. Однако бывшие коллеги Джо уже взялись за работу, и теперь он должен противостоять армии профессиональных убийц, чтобы спасти себя и свою возлюбленную.
Фильм продолжает сагу о Нео, герое, который победил коварный искусственный интеллект, использующий людей в качестве источника энергии, погружая их сознание в иллюзии реальной жизни. Теперь, спустя годы после событий предыдущих фильмов, Нео возвращается в подземное убежище повстанцев. Там он встречается с Ниобой, ставшей генералом вооруженных формирований людей.
