Фильм продолжает сагу о Нео, герое, который победил коварный искусственный интеллект, использующий людей в качестве источника энергии, погружая их сознание в иллюзии реальной жизни. Теперь, спустя годы после событий предыдущих фильмов, Нео возвращается в подземное убежище повстанцев. Там он встречается с Ниобой, ставшей генералом вооруженных формирований людей.
