Семья парня была убита Хильдой Ван Дер Кой — главой коррумпированной постапокалиптической династии, а сам он стал глухонемым. Бой сбегает в джунгли, где отшельник обучает его боевым искусствам. Завершив обучение, парень оказывается один в безумном мире и вскоре попадает в группу сопротивления, которая строит планы свергнуть правящую династию.
Главный герой, известный как Снейк Айз, предстает перед нами как юноша с болезненным прошлым, отказавшийся от всего ради одной единственной цели — отомстить за убийство своего отца. Его жизнь превращается в бесконечную гонку, полную подпольных боев, в которых он пытается найти силы и средство для реализации своей мести.
