Имеет ли право сотрудник Минтранса досматривать автомобиль

Осмотр они проводят, ДОсмотр проводит полиция с привлечением понятых. Лично я, в настоящем, даже полицейского нах посылаю, если у него регистратор выключен, ибо обязан быть включён, ради ВЗАИМНОЙ безопасности.

Рядом мент обычно крутиться, там за каждой станцией закреплены.
Ребенка провожал, отстал с чемоданом от компании, на входе вохра метро попросила остановится, подошла тетка с полиции провела сканером по чемодану и Счастливого пути пожелала.
Меня абсолютно не напрягло...

А как иначе? Это служба безопасности за которую платит сам перевозчик или собственник метро, вокзала, аэропорта. Вы представляете какой это был бы аппарат чиновников?
Вот что закон говорит про их дальнейшие действия.
В случае идентификации в ходе досмотра в целях обеспечения транспортной безопасности оружия, боеприпасов, патронов к оружию, взрывчатых веществ или взрывных устройств, ядовитых или радиоактивных веществ при условии отсутствия законных оснований для их ношения или хранения либо в случае выявления лиц, не имеющих правовых оснований для прохода (проезда) в зону транспортной безопасности или ее часть, силы транспортной безопасности в соответствии с планом обеспечения транспортной безопасности объекта транспортной инфраструктуры или транспортного средства незамедлительно информируют об этом уполномоченные подразделения федерального органа исполнительной власти, осуществляющего функции по выработке и реализации государственной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере внутренних дел, и федерального органа исполнительной власти в области обеспечения безопасности Российской Федерации для принятия мер реагирования в соответствии с их компетенцией. Полиция на объектах транспортной инфраструктуры и транспортных средствах, в том числе в зонах транспортной безопасности, осуществляет свою деятельность в соответствии с Федеральным законом от 7 февраля 2011 года N 3-ФЗ "О полиции".
То есть, они просто передают вас органам МВД или ФСБ, которые уже обладают всеми полномочиями.

То есть досмотр в аэропортах тебя не смущает, а метро то что не так? Тот же вид транспорта. А уж поставить охранника куда дешевле, чем сотрудников полиции на это отправлять. Данная работа не требует специальных знаний: научили пользоваться интраскопом, металлодетектором да газоанализатором. В МЦК такая же ситуация, причём есть даже переходы, где ты без интраскопа не можешь перейти по переходу на другую сторону.