Колымская ГЭС функционирует в уникальных условиях по множеству параметров. Во-первых, энергосистема Магаданской области является изолированной от единой энергосистемы России. Во-вторых, станция расположена в зоне вечной мерзлоты. Она имеет самую высокую в России грунтовую плотину, а также является самой мощной в стране гидроэлектростанцией с подземным расположением машинного зала.