Наиболее подходящей системой для сайтов считаются Linux-based системы, они занимают подавляюшую часть систем на рынке хостинга.
Windows системы не так популярны из-за некоторой ограниченности окружения, т.е. системы на Windows так же могут функционировать как веб-сервера, однако они требуют инной сферы знаний для настройки и в итоге, чаще всего, получаются менее стабильные сервера, с более низким аптаймом.
